fh体育

产品介绍

DNA甲基化（DNA Methylation）是指在甲基转移酶的催化下，S-腺苷甲硫氨酸（SAM）上的甲基添加到DNA分子的碱基上的过程。胞嘧啶第5位碳原子和甲基的共价结合是常见的甲基化形式
，胞嘧啶被修饰为5甲基胞嘧啶（5mC）。 目前，全基因组甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing，WGBS）主要是通过重亚硫酸盐（Bisulfite）将基因组中未发生甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶

，然后结合Illumina高通量测序平台，对全基因组范围内胞嘧啶的甲基化水平进行测定，精确分析每一个胞嘧啶的甲基化状态，从而构建全基因组甲基化图谱，进而探究胞嘧啶的甲基化在人类疾病、细胞生长发育过程中的重要机制。

应用方向

技术参数

实验流程

基于微流体技术将单个细胞
、带有barcode序列和引物序列的凝胶微珠以及逆转录反应体系包裹在油滴中，形成GEMs。随后，细胞裂解，释放mRNA，合成barcode标记的cDNA第一链
。GEMs裂解后，利用通用引物扩增全长cDNA序列。接下来，分别构建5’基因表达谱文库和免疫谱文库。其中，免疫谱文库构建是利用V(D)J的引物扩增获得TCR以及BCR序列，回收PCR扩增产物后，对产物进行酶切、末端修复、加A碱基等
，完成文库的构建。

生物信息分析流程

重要分析结果展示

经典案例解析

高频肿瘤融合基因对胃印戒细胞癌预后的意义

国际上首个利用全基因组测序数据对胃印戒细胞癌（Signet-ring Cell Carcinoma, SRCC）进行的研究
。该研究确定了胃印戒细胞癌的临床特征与基因组特征
，发现了与临床诊断/预后指标和化疗耐药显著相关的高频肿瘤特异融合基因（CLDN18-ARHGAP26/6融合基因），确定了有该融合基因的患者无法从基于5’-氟尿嘧啶（5-fluorouracil）/奥沙利铂(Oxaliplatin)的化疗方式中获益。
基于32个样本的WGS结果，鉴定出了1000多个SNV
，16个InDel（931错义突变，63无义突变，27个剪切位点，6个inframe InDels和10个移码InDels）
。没有发现具有显著MSI（微卫星不稳定）样本
。病例可以被分为含高频突变的和不含高频突变的两种。鉴定出了6个显著突变基因[TP53 (25%), CDH1 (15.6%), PIK3CA (12.5%), ERBB2(6.3%), LCE1F (6.3%), 和OR8J1 (6.3%) ] (图9)。